（1）初治：肺结核（包括肺外结核）必须采用标准化治疗方案。对于新病例其方案分两个阶段，即2个月强化（初始）期和4-6个月的巩固期。强化期通常联合3-4个杀菌药，约在2周之内传染性病人经治疗转为非传染性，症状得以改善。巩固期药物减少，但仍需灭菌药，以清除残余菌并防止复发。

　　WHO推荐的化疗方案是：初治标准化疗方案：2HRZ／4HR（异烟肼、利福平、吡嗪酰胺2个月强化期／异烟肼、利福平4个月巩固期，以下类推。）

　　衍生方案：

　　1）全程督导化疗：

　　①2HRZ／4HR（下角阿拉伯数字表示每周服药次数，后同）；②2HRZE/4H2R2；③2E3H3R3Z3／4H3R3；④2S3H3R3Z3／4H3R3。

　　2）用于高初始耐药地区方案：①2EHRZ／4HR；②2SHRZ／4HR。

　　我国卫生部推荐的化疗方案是：初治菌阳肺结核（含初治菌阴空洞肺结核或粟粒型肺结核）：①2HRZE（S）／4HR；②2HRZE（S）／4H3R3；③2H3R3 Z3（S3）／4H3R3.如果第2个月末痰菌仍阳性，则延长1个月强化期，相应缩短1个月巩固期；初治菌阴肺结核（除外有空洞、粟粒型肺结核）：①2HRZ／4HR；②2HRZ/4H3R3；③2H3R3Z3／4H3R3。

　　（2）复治：有下列情况之一者为复治：①初治失败的患者；②规则用药满疗程后痰菌又转阳的患者；③不规则化疗超过1个月的患者；④慢性排菌患者。由于可能已经产生获得性耐药，复治是一个困难的问题，推荐强化期5药和巩固期3药的方案，希望强化期能够至少有2个仍然有效的药物，疗程亦需适当延长。

　　（3）MDR-TB的治疗：MDR-TB是被WHO认定的全球结核病疫情回升的第3个主要原因。

　　治疗有赖于通过药敏测定筛选敏感药物。疑有多耐药而无药敏试验条件时可以分析用药史进行估计。强化期选用4-5种药物，其中至少包括3种从未使用过的药物或仍然敏感的药物如PZA、KM、CPM、1321Th、PAS（静脉）、FQs，推荐的药物尚有CS、氯苯酚嗪（c1ofazimine）等。

　　强化期治疗至少3个月。巩固期减至2-3种药物，至少应用18-21个月。