我做了一个克隆，是直接从cDNA中克隆来的，是用来表达的。但是测序的时候发现缺失了中间的548个bp，并且也不是因为重复序列，第1到91个碱基是正确的，然后就是第638个碱基之后几百个碱基正确了，3‘‘端没有信号，连着测了两个克隆都是这样的。想知道：
1.是不是因为发生了剪切所导致的。
2.但是我有不知道怎么利用生物信息学的方法来分析我的测序序列与从NCBI数据库里得到的序列，怎么看是不是发生了剪切？又怎么分析蛋白序列是否正确呢？
3.如果是发生了剪切，那是我意味着我就不容易得到基因的全长了（有2.6K）？如果我要得到全长是否要先分段克隆然后再连接呢？
重新CDNA中克隆一次
不要重新做一次了，如果你在缺失部位在700到800bp的位置还可以重新做一次，因为考虑到是一个测序反应到要结束的时候了。而你这个是第91个碱基的时候就缺失了，所以我认为是剪接突变的可能比较大，我自己也碰到一个这样的事情，从cDNA中扩增3.5bp的全CDS， 但是测序时候发现在2000bp的地方少掉69个碱基，开始我也认为是测序出的问题，然后在提取RNA、 反转录、PCR、做克隆、挑克隆、测序。 从上海生工到invitrogen到赛百胜。都是一样的结果，在相同的部位缺失69个碱基，也就是13个氨基酸序列。
后来北京泛基洛公司的PCR专家告诉我说，taq酶是不可能扩增时跳过69个碱基的，所以你这个548个就更不可能了。
你的正好缺失549个碱基，也就是183个氨基酸。估计是剪接突变，可以做点东西来发一个剪接突变的文章啊， 这也不错。
怎么看是不是剪切突变体啊？
