原发性肝癌是指起源于肝细胞或肝内胆管上皮细胞的恶性肿瘤，其主要病因较为复杂，是多种因素长期共同作用的结果。

病毒性肝炎是原发性肝癌发生的重要危险因素，尤其是乙型肝炎和丙型肝炎。乙肝病毒（HBV）和丙肝病毒（HCV）感染人体后，会整合到肝细胞的基因组中，导致肝细胞发生突变和癌变。长期携带乙肝或丙肝病毒，会持续对肝脏造成炎症损伤，在反复的肝细胞修复和再生过程中，容易出现细胞的异常增生，进而引发肝癌。

肝硬化与原发性肝癌的发生密切相关。在肝硬化的形成过程中，肝脏组织会出现广泛的纤维化和结节形成，肝细胞的正常结构和功能遭到破坏。这种肝脏微环境的改变会促使肝细胞发生癌变，大约有50% - 90%的肝癌患者同时合并有肝硬化。

黄曲霉毒素也是导致原发性肝癌的重要因素之一。黄曲霉毒素主要由黄曲霉菌产生，常见于霉变的花生、玉米等食物中。黄曲霉毒素B1具有强烈的致癌性，它可以在体内代谢为具有活性的环氧化物，与DNA结合，引起基因突变，从而增加肝癌的发生风险。

饮用水污染也可能与原发性肝癌的发生有关。一些被污染的水源中可能含有藻类毒素、有机致癌物等有害物质，长期饮用这样的水会对肝脏造成损害，增加患癌几率。

此外，遗传因素在原发性肝癌的发生中也起到一定作用。有肝癌家族史的人群，其患肝癌的风险相对较高，可能与遗传易感性有关。同时，长期大量饮酒、吸烟、肥胖、糖尿病等不良生活方式和代谢性疾病，也会增加原发性肝癌的发病风险。这些因素会导致肝脏的代谢负担加重，引起肝脏的慢性损伤和炎症反应，进而促进肝癌的发生发展。