治疗自体瓣膜感染性心内膜炎（Infective Endocarditis, IE）的首选药物主要取决于病原菌的种类，因为不同细菌对药物的敏感性存在差异。在临床实践中，通常会先进行血培养和药敏试验以确定具体的致病微生物及其对抗生素的敏感性，从而选择最合适的治疗方案。

然而，在未明确具体病原体之前或等待实验室结果期间，医生可能会根据患者的具体情况（如免疫状态、既往用药史等）以及当地的流行病学资料，经验性地选用广谱抗生素。对于自体瓣膜感染性心内膜炎的初始治疗，常见的选择包括：
1. 青霉素类：例如苯唑西林或氨苄青霉素，这类药物对大多数革兰阳性球菌有良好的抗菌作用。
2. 万古霉素：当怀疑耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）感染时，或者患者对β-内酰胺类抗生素过敏的情况下，可以考虑使用万古霉素。
3. 氨基糖苷类：如庆大霉素或阿米卡星，通常与青霉素类药物联合应用以增强抗菌效果，特别是对抗革兰阴性杆菌。
4. 其他可能的选择还包括头孢菌素类、氟喹诺酮类等。

一旦确定了病原体及其敏感性后，则应调整为针对性更强的治疗方案。例如，对于草绿色链球菌引起的自体瓣膜感染性心内膜炎，通常推荐使用青霉素G与氨基糖苷类药物联合治疗；而对于金黄色葡萄球菌，则可能需要采用万古霉素或利奈唑胺等。

总之，在制定具体的抗菌治疗计划时，医生会综合考虑患者个体差异、病原学特点及药敏结果等因素。此外，对于复杂病例或者治疗反应不佳的情况，建议及时转诊至心血管内科或感染科专家处进行进一步诊治。