在医学微生物学中，微生物主要可以分为五大类，分别是细菌、病毒、真菌、原生动物和寄生虫。下面对这五类进行简要介绍：
1. 细菌：是一类非常广泛的单细胞生物，它们的大小通常在0.5到5微米之间。根据其形状，细菌可分为球形（如链球菌）、杆状（如大肠杆菌）和螺旋形（如梅毒螺旋体）。细菌有的对人类有益，比如肠道中的益生菌；也有些是致病性的，能够引起各种感染性疾病。
2. 病毒：病毒是一种非细胞形态的生命形式，必须寄生于活细胞内才能进行生命活动。它们非常小，通常需要电子显微镜才能观察到。病毒由蛋白质外壳和内部的遗传物质（DNA或RNA）组成。许多严重的人类疾病都是由病毒感染引起的，如艾滋病、流感等。
3. 真菌：真菌是一大类多细胞生物，包括酵母菌、霉菌以及大型真菌等。它们通过孢子繁殖，并且能够在多种环境中生存。虽然大多数真菌对人类无害或有益（例如用于发酵过程中的酵母），但也有部分真菌能够引起疾病，如念珠菌感染。
4. 原生动物：原生动物是单细胞的真核生物，它们具有复杂的内部结构。这些微生物通常生活在水中或者潮湿环境中，有些种类可以寄生于人体内导致疾病，例如阿米巴病就是由溶组织内阿米巴引起的。
5. 寄生虫：寄生虫是一类多细胞生物，必须依赖宿主体内的营养物质来维持生存。根据其形态和生活习性，寄生虫又可进一步分为线虫、扁形虫（如吸虫和绦虫）以及节肢动物等。许多寄生虫能够引起人类疾病，比如疟疾就是由疟原虫引起的。

以上就是医学微生物学中所涉及的主要微生物分类及其简要介绍。每一种类型的微生物都有其独特的生物学特性和致病机制，在临床诊断与治疗过程中具有重要意义。