亚急性甲状腺炎的病因目前尚未完全明确，但大量研究表明与以下因素密切相关。

病毒感染是亚急性甲状腺炎的重要病因之一。许多患者在发病前1 - 3周有上呼吸道感染史，常见的病毒包括腮腺炎病毒、柯萨奇病毒、流感病毒、腺病毒等。当人体感染这些病毒后，免疫系统会被激活来对抗病毒。在这个过程中，免疫系统可能会出现“误判”，将甲状腺组织识别为外来的病原体进行攻击，从而引发甲状腺的炎症反应。例如，腮腺炎病毒感染后，可能会直接侵犯甲状腺细胞，导致细胞损伤和炎症，同时机体针对病毒产生的免疫反应也会波及甲状腺，进一步加重炎症。

自身免疫因素也在亚急性甲状腺炎的发病中起到一定作用。虽然亚急性甲状腺炎不属于典型的自身免疫性疾病，但在疾病过程中可检测到甲状腺自身抗体的存在，如甲状腺过氧化物酶抗体、甲状腺球蛋白抗体等。这提示机体的免疫系统可能出现了异常，自身抗体可能参与了甲状腺组织的损伤过程。可能是在病毒感染等诱因作用下，甲状腺组织的抗原结构发生改变，从而刺激机体产生自身抗体，攻击甲状腺细胞，引发炎症。

遗传因素也可能与亚急性甲状腺炎的发病有关。研究发现，某些基因的多态性与亚急性甲状腺炎的易感性相关。特定的基因类型可能会影响机体的免疫反应和炎症调节机制，使得携带这些基因的人群在受到相同的外界因素刺激时，更容易发生亚急性甲状腺炎。不过，遗传因素在发病中的确切作用还需要更多的研究来明确。

此外，环境因素如季节变化、生活压力等也可能对亚急性甲状腺炎的发病产生影响。在季节交替时，人体的免疫力相对较低，更容易受到病毒感染，从而增加发病风险。长期的精神压力可能会影响机体的内分泌和免疫系统功能，导致免疫失衡，也可能促使亚急性甲状腺炎的发生。

综上所述，亚急性甲状腺炎的病因是多因素共同作用的结果，病毒感染是主要的启动因素，自身免疫、遗传和环境等因素也在发病过程中起到一定的协同作用。