自体瓣膜心内膜炎的治疗药物选择需要综合多方面因素来确定，以下为您详细介绍。

在抗生素治疗方面，这是治疗自体瓣膜心内膜炎的关键。用药原则是早期应用，在连续送3 - 5次血培养后即可开始治疗；足量用药，达到有效杀菌浓度；静脉用药为主，保持高而稳定的血药浓度；病原微生物不明时，急性者选用针对金黄色葡萄球菌、链球菌和革兰阴性杆菌均有效的广谱抗生素，亚急性者选用针对大多数链球菌（包括肠球菌）的抗生素；已分离出病原微生物时，应根据致病微生物对药物的敏感程度选择抗微生物药物。

对于经验性治疗，在病原菌尚未培养出时，急性者采用萘夫西林或苯唑西林联合庆大霉素；亚急性者以青霉素为主或加庆大霉素。

如果致病菌为草绿色链球菌，可选用青霉素G，对青霉素敏感的细菌可单用青霉素，也可选用头孢曲松；对青霉素耐药时，可选用万古霉素。

当致病菌为葡萄球菌时，对甲氧西林敏感的葡萄球菌可选用萘夫西林或苯唑西林，耐药者选用万古霉素。

肠球菌性心内膜炎对青霉素敏感性较差，可选用青霉素G联合庆大霉素，也可选用万古霉素。

真菌性心内膜炎可选用两性霉素B，但其毒性较大，可联合氟胞嘧啶。

在治疗过程中，还需要根据患者的具体情况，如年龄、基础疾病、肝肾功能等调整药物剂量和种类。同时，要密切观察药物的不良反应，及时处理。如果药物治疗效果不佳，可能还需要考虑手术治疗。总之，自体瓣膜心内膜炎治疗药物的选择是一个复杂的过程，需要临床医生综合判断，制定个体化的治疗方案。