蛋白质 - 能量营养不良是一种因缺乏能量和（或）蛋白质所致的营养缺乏症，其病因主要分为原发性和继发性两大类。

原发性病因主要是食物供给不足。在一些贫困地区，由于经济条件限制，食物的数量和种类都极为匮乏，不能满足儿童生长发育所需的足够能量和蛋白质。例如，长期以单一的谷物为主食，而谷物中蛋白质的含量和质量相对较低，且缺乏某些必需氨基酸，就容易导致蛋白质 - 能量营养不良。另外，不合理的喂养方式也是重要原因。比如，在婴幼儿时期过早断奶，又没有及时添加合适的辅食；或者人工喂养时奶粉调配过稀，不能为孩子提供足够的营养。

继发性病因涉及多个方面。疾病因素是常见的一类，消化系统疾病如慢性腹泻、先天性唇腭裂、幽门梗阻等，会影响食物的消化和吸收。慢性腹泻会使肠道黏膜受损，减少了营养物质的吸收面积，同时加快了食物通过肠道的速度，导致营养物质来不及被充分吸收就排出体外。唇腭裂会影响患儿的吸吮和吞咽功能，使得进食困难。一些慢性消耗性疾病，像结核病、恶性肿瘤等，会增加机体的能量消耗。肿瘤细胞的生长和繁殖需要大量的能量和营养物质，从而与机体正常组织争夺营养，导致患者出现营养不良。还有一些代谢性疾病，如甲状腺功能亢进，会使机体代谢率升高，能量消耗增加，若摄入的营养不能满足需求，也会引发蛋白质 - 能量营养不良。此外，心理因素如精神创伤、神经性厌食等，会导致患者主动减少食物摄入，进而引起营养不良。