血吸虫虫卵可引起特征性的虫卵结节，按其病变发展过程可分为急性虫卵结节和慢性虫卵结节，具体病理变化如下。

急性虫卵结节是由成熟虫卵引起的一种急性坏死、渗出性病变。肉眼观，为灰黄色、粟粒至绿豆大小的结节。镜下见，结节中央常有1至多个成熟虫卵，虫卵表面附有放射状嗜酸性均质棒状物（称为Hoeppli现象），实为抗原抗体复合物。其周围是一片无结构的颗粒状坏死物质及大量嗜酸性粒细胞浸润，状似脓肿，故也称为嗜酸性脓肿。在坏死组织中可混杂多数菱形或多面形屈光性蛋白质晶体，即Charcot-Leyden结晶，系嗜酸性粒细胞的嗜酸性颗粒互相融合而成。随后虫卵周围产生肉芽组织层，其中有以嗜酸性粒细胞为主的炎症细胞浸润，还有单核细胞、淋巴细胞、浆细胞、中性粒细胞等。随着病程的发展，嗜酸性粒细胞逐渐被巨噬细胞、淋巴细胞取代，使急性虫卵结节转变为慢性虫卵结节。

慢性虫卵结节是急性虫卵结节经过10余天后，卵内毛蚴死亡，虫卵及坏死物质被清除、吸收或钙化，病灶内巨噬细胞变为类上皮细胞和少量异物巨细胞，病灶周围有淋巴细胞浸润和肉芽组织增生，形态上似结核样肉芽肿，故称为假结核结节，即慢性虫卵结节。最后，结节纤维化玻璃样变，中央的卵壳碎片及钙化的死卵可长期存留。

长期、大量的血吸虫虫卵沉积在肝脏和肠壁等组织，可导致组织纤维化，引起一系列严重后果。在肝脏，可导致血吸虫性肝硬化，出现门静脉高压等表现；在肠壁，可引起肠黏膜反复溃疡和纤维化，导致肠腔狭窄等病变。