蛋白质三级结构是指整条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置，也就是整条肽链所有原子在三维空间的排布位置，具有以下特点。

从作用力角度来看，维持蛋白质三级结构的作用力主要是非共价键，包括疏水作用、离子键、氢键和范德华力等。其中疏水作用最为重要，蛋白质分子中疏水基团倾向于聚集在分子内部，形成疏水核心，以避开水相，这对稳定三级结构起着关键作用。离子键是带相反电荷的基团之间的静电相互作用，氢键则是通过氢原子与电负性原子之间形成的，它们都有助于维持蛋白质特定的构象。范德华力虽然较弱，但大量存在时也对结构稳定性有贡献。

从结构层次角度，它是在二级结构基础上进一步盘绕、折叠形成的。二级结构如α - 螺旋、β - 折叠等结构单元通过相互作用和空间排布，最终形成具有特定功能的三级结构。例如，肌红蛋白是具有典型三级结构的蛋白质，它的多肽链在二级结构基础上进一步折叠，形成一个球状分子，血红素辅基位于球状分子表面的疏水洞穴中。

从功能角度，蛋白质的三级结构与其功能密切相关。特定的三级结构决定了蛋白质的活性部位和功能特性。只有具有正确三级结构的蛋白质才能发挥正常的生物学功能。当蛋白质的三级结构被破坏时，其功能也会丧失。比如酶蛋白，其活性中心的氨基酸残基在三级结构中处于特定的空间位置，才能与底物特异性结合并催化反应。

从结构多样性角度，不同的蛋白质具有不同的三级结构，这是由它们的氨基酸序列决定的。氨基酸的种类、数量和排列顺序不同，导致了蛋白质三级结构的千差万别，进而使得蛋白质具有多种多样的功能，以满足生物体各种复杂的生理需求。