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包括量和质的异常。AA患者骨髓CD34+细胞较正常人明显减少，减少程度与病情相关；其CD34+细胞中具有自我更新及长期培养启动能力的“类原始细胞（blast-like）”明显减少。AA造血干祖细胞集落形成能力显著降低，体外对造血生长因子（HGFs）反应差，免疫抑制治疗后恢复造血不完整。部分AA有单克隆造血证据，且可向PNH、骨髓增生异常综合征（MDS）甚至白血病转化。