主要体现在抗核抗体谱（ANAs ）方面。免疫荧光抗核抗体（IFANA ）是SLE的筛选检查。对SLE的诊断敏感性为95%，特异性相对较低为65% 。除SLE之外，其他结缔组织病的血清中也常存在ANA，一些慢性感染也可出现低滴度的ANAs。
ANAs包括一系列针对细胞核中抗原成分的自身抗体。其中，抗双链DNA（ ds-DNA）抗体对SLE的特异性为95 %，敏感性为70%，它与疾病活动性及预后有关；抗Sm抗体的特异性高达99%，但敏感性仅25%，该抗体的存在与疾病活动性无明显关系；抗核糖体P蛋白抗体与SLE的精神症状有关；抗单链DNA、抗组蛋白、抗u1 RNP，抗SSA和抗SSB等抗体也可出现于SLE的血清中，但其诊断特异性低，因为这些抗体也见于其他自身免疫性疾病。抗SSB与继发干燥综合征有关。其他自身抗体还有与抗磷脂抗体综合征有关的抗磷脂抗体（包括抗心磷脂抗体和狼疮抗凝物）；与溶血性贫血有关的抗红细胞抗体；与血小板减少有关的抗血小板抗体；与神经精神性狼疮有关的抗神经元抗体。另外，SLE患者还常出现血清类风湿因子阳性，高球蛋白血症和低补体血症。SIE的免疫病理学检查包括皮肤狼疮带试验，表现为皮肤的表真皮交界处有免疫球蛋白（IgG、IgM 、IgA等）和补体（C3、Clq等）沉积，对SLE具有一定的特异性。LN的肾脏免疫荧光多呈现多种免疫球蛋白和补体成分沉积，被称为“满堂亮”。
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