服用氟西汀的常见不良反应有：全身或局部过敏，胃肠道功能紊乱（如恶心、呕吐、消化不良、腹泻、吞咽困难等），厌食，头晕、头痛，睡眠异常，疲乏，精神状态异常，性功能障碍，视觉异常，呼吸困难等等。 对于正在使用单胺氧化酶抑制剂（MAOI）等药物者，应禁用氟西汀。对于肝功能不全者，氟西汀和去甲氟西汀的半衰期分别增至7天和14天，因此应考虑减少用药剂量或降低用药频率。

美国食品药物管理局公布指出所有抗抑郁药都有增加年轻人自杀可能性的风险。也有实验指出服用氟西汀后，对于小孩可能增加了自杀可能性，而对于成人则可能减小了自杀可能性。

此外，亦有报道称服用氟西汀可能引起暴力倾向增强。

临床发现大剂量的服用氟西汀可能导致一些患者出现药物性孤独症。但是停用后症状会消失。

欧盟警告氟西汀引起先天性心血管出生缺陷 2010年2月，欧洲药品管理局药物警戒工作组（PhVWP）发布一项评估结果：妊娠期前三个月使用氟西汀会增加先天性心血管缺陷的风险。

2008年，Diav-Citrin O等人在医学文献中所发表的一项研究显示，在妊娠期间的前三个月使用氟西汀可能与先天性心血管缺陷存在因果关联。药物警戒工作组对Diav-Citrin O等人所开展的研究进行了审查，要求获得氟西汀最早上市许可的制药商对有关早期妊娠暴露于氟西汀的反应和先天畸形的风险（特别是心血管缺陷）的所有流行病学数据进行系统的临床荟萃分析。荟萃分析包括9项研究[1-9]。

药物警戒工作组对荟萃分析的结果进行了评估，并认为这些数据显示在妊娠初期使用氟西汀而引起婴儿出现心血管缺陷的风险为2%，而在普通人群中的发生概率大约是1%。同时，还权衡妊娠期间抑郁症未得到治疗产生的影响以及使用氟西汀导致心血管先天畸形风险之间的利弊。

因此，药物警戒工作组建议在含氟西汀产品的药品特性概要（SPCs）和包装说明书（PLs）中添加关于该药品会增加先天性心血管缺陷的风险的警告。