不良反应的出现一般与所用剂量有关。常见的有卵巢肿大和囊肿形成、面部潮红（与绝经期综合征相似）、腹部和盆腔不适或疼痛。此外，还有乳胀、体重增加、头晕、尿量增加、短暂的视觉模糊、过敏性皮疹、可逆性脱发、失眠、精神抑郁和肝功能异常。氯米芬可使多胎发生率增加。先天性有缺陷的婴儿亦增加如Down、综合征，但发生率并不比用其他方法解决妇女不育症为高。用药前应调查不育的原因，一旦受孕应即停药。肝病及未经查清的子宫出血患者禁用。