麝香鼠的性别比较难以识别，性征不明显，以下几种方式识别个公母，具重要意义：

1、从肛门至尿生殖孔之间的距离来识别：这一间距不论成鼠还是幼鼠都是公鼠大于母鼠1/3左右，一般成年公鼠为1.8—2.5厘米，而母鼠为1.3—1.8厘米；体重在600克以内的幼鼠公鼠为1.58—1.77厘米，母鼠为1.06—1.37厘米。

2、从会阴部被毛的分布来识别：公鼠的肛门至尿生殖孔间的被毛致密，全覆盖着皮肤，腹股沟两侧生有棕褐色的针毛，并形成一条纵线，而母鼠这一区域的被毛则稀疏且向两侧分开，无棕褐色针毛，此间由于少毛，可明显的看见皮肤，尤其靠近尿道隆起的后方，有一小块无毛区，皮肤裸露。

3、翻尿生殖孔识别：用拇指和食指按压麝香鼠的尿生殖孔的两侧，使其外翻，若露出紫红色略带黑色的圆形龟头，则为公鼠，否则为母。

4、排尿方向识别：麝香鼠受到惊吓时一般都会排尿，人抓拿的时候也不例外，公鼠多向头部方向排尿，而母鼠则向后臀部方向排尿；公鼠排尿后在尿生殖孔处淤留有乳白色有浓味的分泌物，而母鼠仅有水样黄褐色尿液在尿道口上。

5、活动和性情上识别：公鼠的性情好动，粗暴，咬人，一般遇到响动，公鼠会先从窝里跑出来。繁殖产仔期间，出来搬食物的一般是公鼠。

6、体重上来识别：成年鼠个体一般是公鼠大于母鼠。