在生产上常见的杂菌，感染段木的主要有棉腐菌、裂褶菌、云芝、木霉等；为害子实体的，主要有青霉、木霉、织壳霉（俗称白粉病）、红酵母等。其中以织壳霉最常见，为害最严重，发病的耳片形成一层粉状物，并使子实银耳体僵化。防治上以 抓好栽培场所的清洁卫生和通风换气为主，防止或减少病害发生。对发病严重的子实体应及时摘除，然后再喷石硫合剂进行控制。耳木污染其他杂菌对应及时刮除刷洗，然后用石灰水消毒，置阳光下晒1～2天再恢复管理。

常见的害虫有线虫、螨类、菌蝇、蛞蝓等，其中线虫是引起烂耳的主要虫害，侵害耳基使耳片得不到营养而腐烂。在预防上，用水要干净，防止水中带有线虫，段木勿沾泥土，防止线虫入侵。对已发生的烂耳，应及时刮除，并用清水刷洗，防止蔓延。药物防治可用1%醋酸或稀释4倍的醋，或0.1%～0.2%敌百虫喷射耳木，可以抑制线虫的繁殖。螨类也是银耳的主要虫害。繁殖极快，常蛀食菌丝和耳根，发生后，应用0.5%的敌敌畏喷洒耳场并用1：800倍的20%可湿性杀螨砜浸湿耳木（浸后立即取出）或喷湿耳木进行防治。也可用800倍的乐果或敌百虫喷杀。