根含蒽醌类成分：甲基异茜草素（rubiadin）、甲基异茜草素-1-甲醚（rubiadin-1-methyl ether），大黄素甲醚（physcion），2-羟基羟甲基蒽醌（2-hydroxy-3-hydrox-ymethylanthraquinone），1-羟基蒽醌（1-hydroxyanthraquinone），1-羟基-2-甲基蒽醌（1-hydroxy-2-methyl anthraquinone），1，6-二羟基-2，4-二甲氧基蒽醌（1，6-dihydroxy-2,4-dimethoxyan-thraquinone），1，6-二羟基-2-甲氧基蒽醌（1,6-dihydroxy-2-methoxyanthraquinone），2-甲基蒽醌（2-methylanthraqui-none），还含环烯醚萜成分；水晶兰甙（monoTCMLIBopein），四乙酰车叶草甙（asperuloside teTCMLIBaacetate）。又含葡萄糖(glucose），甘露糖（mannose），β-谷甾醇（β-sitosterol），棕榈酸(palmitic acid）。维生素(vitamin)C，十九烷（nonadecane），24-乙基胆甾醇（24-ethyl cholesterol）。

根皮中含还原糖、甙、强心甙、黄酮、甾体三萜、氨基酸、有机酸；亦含钾、钙、镁等23种金属元素，其中15种为人体必需微量元素。根皮中铅含量较木心中为低，铁、锰、锌等16种微量元素含量较木心为高．

从广东产巴戟天生药根皮中分得四种成分，分别鉴定为β-谷甾醇、2-甲基蒽醌、甲基异茜草素-1-甲醚及24-乙基胆甾醇．巴戟天的氯仿提取物中分离得的蒽醌化合物有：1,6-二羟基-2,4-二甲氧基蒽醌（1,6-Dihydroxy-2,4-dimethoxyan- thraquinone）、1,6-二羟基-2-甲氧基蒽醌（1,6-Dihydroxy-2-methoxyanthraquinone）等。