根呈不规则的长圆柱形，多扭曲，长7～20cm，直径1～2.5cm。 表面紫红色或紫褐色，皮部疏松，呈条片状，常10余层重叠，易剥落。 顶端有的可见分歧的茎残基。体轻，质松软，易折断，断面不整齐，黄白色或黄色。

气特异，味微苦、涩。

紫草为广布种，喜凉爽湿润气候，耐寒，怕高温，多生于山地草丛和干燥的石质山坡、山谷及灌木林下，对土壤要求不甚严格，但以腐殖质较多的壤土或砂壤土为好。地上部秋末冬初干枯，到春从根茎上发芽，整株寿命约15年，新疆紫草具耐寒、耐旱、抗瘠薄特点，分布区年平均气温多在0℃以下，阳坡上生长较好。紫草种子有休眠特性，但只要有-1℃的温度条件24小时，就能解除休眠。发芽率适温为13－17℃，发芽率可达80％以上。贮藏期间种子发芽率逐渐下降，寿命为l－2年。