西药的副作用较大，该药罕有肝功能损害。 致畸胎危险。

神经功能紊乱：在丙戊酸钠治疗期间，少数患者出现嗜睡或木僵，并导致一过性昏迷（脑病），当治疗时，可单独出现或与癫痫发作同时出现，当剂量减少停用时，这些症状会减少，这些病例常发现在联合治疗特别是用苯巴比妥或突然增加丙戊酸剂量之后。 消化道紊乱（恶心、胃痛）多出现在治疗开始时，但是不需停止治疗，症状通常可在数天内消失。 短暂的和/或与剂量相关的不良反应已有报导：脱发，轻度姿势性震颤和嗜睡。 已有报导单纯纤维蛋白原减少或出血时间延长，通常不伴有临床体征，此多发生于大剂量时（丙戊酸钠对血小板聚集第二期有抑制作用）。

血液系统：多为血小板减少，罕有贫血，白细胞减少或全血细胞减少。 偶有报导胰腺炎，有时导致死亡。 有报告血管炎。

无肝功能异常的单纯和轻度高氨血症时有出现，但不需要停止治疗。 也报告体重增加，闭经及月经紊乱。 偶有报导可逆或不可逆的听力丧失，但其因果关系尚未明确。 丙戊酸可引起皮肤反应，如皮疹，在某些病例有毒性上皮坏死溶解，Stevens-Johnson综合征，多形性红斑了有报导。 有单独报导，伴随丙戊酸治疗出现可逆性Fanconi氏综合征，但其作用机理未明。