穴居颠顶，联系脑部：百会穴位居颠顶部，其深处即为脑之所在；且百会为督脉经穴,督脉又归属与脑。此外，根据“气街”理论，“头气有街”、“气在头者，止之于脑”（《灵枢·卫气》），即经气到头部的（手、足三阳）都联系于脑。根据“四海”理论，“脑为髓海”。杨上善注说“胃流津液渗入骨空，变而为髓，头中最多，故为海也。是肾所生，其气上输脑盖百会穴，下输风府也”。可见，百会穴与脑密切联系，是调节大脑功能的要穴。百脉之会，贯达全身。头为诸阳之会，百脉之宗，而百会穴则为各经脉气会聚之处。穴性属阳，又于阳中寓阴，故能通达阴阳脉络，连贯周身经穴，对于调节机体的阴阳平衡起着重要的作用。