吸收：口服吸收良好，进食不影响药物的生物利用度。

代谢：氟西汀具有非线性的药代动力学特征，首先通过肝脏效应。

通常在服用后6到8小时达到最大血浆浓度。氟西汀通过多态脢CYP2D6广泛的代谢。主要通过肝脏代谢，去甲基产生活性代谢产物诺氟西汀(去甲氟西汀)。

排泄：氟西汀的消除半衰期4~6天，去甲氟西汀为4~16天。长的半衰期是造成停药后任在体内存留5到6周的原因。主要通过肾脏排泄，可分泌到乳汁中。