巨花魔芋的花序可以高达三米以上，高度比一个人的身高还高。和斑叶疆南星及马蹄莲等同科植物一样，花序都是佛焰花序，花为单性花，着生在肉质的花序轴上，花序外面由一片类似花瓣的佛焰苞所包围住。雄花和雌花生长在同一花序上，雌花会先开花，经过一二天后，雄花才会开花，同一植株的雌花和雄花不在同一时间一起开花，是为了防止自花授粉。花序会散发出类似腐肉的味道，这种味道会吸引以腐肉为食的甲虫及肉蝇科的蝇类来替它授粉。

巨花魔芋会先开花然后再长叶子，当花凋谢后，会由生长在地底的球茎上长出一片叶子，这片叶子很大，可以长到六米高，五米宽，近似一棵小树的大小。叶柄绿色似树干，在叶柄的顶端会分叉为三个分枝，每个分枝上着生有许多小叶。当生长季结束，地底的球茎储存到足够的能量后，老叶会萎凋掉落，球茎进入休眠期，大约会休眠四个月左右。