面向未来，三九医药确立了发展战略，即以品牌OTC为核心业务，以中药处方药、免煎中药为快速增长的重点业务，整合抗生素及普药业务，进入第三终端。在发展大品种的基础上，通过对外并购、购买、开发等途径，不断丰富产品种类，逐步实施品类规划，扩大业务规模。以品牌运作和渠道掌控能力为核心优势，加大研发投入和技术改造，提升产品功能和质量，形成以营销带动研发和生产的持续增长的价值创造体系。

为了确保战略目标的实现，公司正在建立以业务模块为分析和管理单元，营销、生产、研发、资金管理和品牌管理高度集中的运营体系。