左右肝管汇合形成肝总管。右肝内胆管分为右前叶肝管、右后叶肝管；左肝内胆管分为左内叶肝管及左外叶肝管。肝内胆管结石易发生于左肝管起始部，肝管狭窄伴管腔扩张、堆积结石。还多见于右前、后肝管汇合成右肝管开口处，胆管结石堆积。正常胆道在PTC、ERCP时直径0.7～1.0cm，管径<0.06cm考虑硬化性胆管炎，管径>1.0cm考虑胆道梗阻，病因为胆管结石、肿瘤、乳头良性狭窄等。肝内胆管轻度狭窄指胆管最大直径超过最小直径1倍以下。重度狭窄指胆管最大直径超过最小直径1倍以上。

肝内胆管结石几乎全是胆红素钙石，由胆红素、胆固醇、脂肪酸与钙组成。可为双侧肝内胆管结石，也可限于左肝或右肝，左肝内胆管结石较右肝多见。

肝内胆管结石与肝内胆管狭窄、扩张并存，因此有胆汁的滞留。狭窄于两侧肝管均可见到，以左侧多见，也可见于肝门左、右肝管汇合部。少数病例仅有肝内胆管结石并无胆管狭窄。