中医典籍中所说的藿香现在定名为“广藿香”（主产于广东、海南，故名），为唇形科植物，茎叶含有挥发油，主要成分为广藿香醇。中医认为广藿香能治病的原因是由于它气味芳香。按照中医理论，病疫以气染人，从口鼻吸入，先到了胃，而芳香能助清气、去恶气，所以气味芳香的广藿香善行胃气、醒脾，能治霍乱呕吐（《药品化义》《本草正义》）。广藿香的挥发油是天然杀虫剂[1]。

藿香正气水传统上也使用较便宜的另一种唇形科植物藿香（也称“土藿香”）制造。藿香香气比广藿香淡，中医认为其品质较差，但功效与广藿香并无不同，因中医认为芳香行气都是一样的（《本草正义》）。实际上藿香挥发油的成分与广藿香大不相同，主要成分是爱草脑（又称甲基胡椒酚）。爱草脑是一种致癌物，可诱发肝癌[2]。

厚朴现在指的是木兰科植物厚朴或庐山厚朴的干皮、根皮及枝皮。“朴”是木皮的意思，因为皮厚，所以叫“厚朴”。中医典籍中所说的厚朴并不一定指的木兰科植物厚朴，其他厚皮的植物也被当成厚朴使用，比如《本草纲目》中的厚朴根据其形态描述和插图，可知并非木兰科厚朴。厚朴味苦，中医认为苦能下气，所以厚朴被用以泄腹胀。因厚朴被怀疑有肾毒性，可导致肾脏损害，在欧洲被禁用[3][4]。

生半夏为天南星科植物半夏未经炮制的块茎，历来被视为有毒药物。1988年12月27日国务院发布《医疗用毒性药品管理办法》将毒性药品定义为“毒性剧烈、治疗剂量与中毒剂量相近，使用不当会致人中毒或死亡的药品”，其中包括生半夏。生半夏的急性中毒症状主要由半夏对粘膜的刺激性作用引起，可死于呼吸麻痹。长期服用生半夏能引起慢性中毒，导致肾脏代偿性增大。生半夏对大鼠妊娠和胚胎具有非常明显的毒性[5]。

临床报道，藿香正气水（丸）可引起过敏性休克[6][7]；呼吸困难[8]；药疹[9][10]；过敏性紫癜[11]；肠梗阻[12]；上消化道出血[13]；心动过速[14]；小儿低血糖症[15]。