石柱“神农牌”黄连具有枝肥、肉厚、条长、色艳和有效成份含量高等特点，其小檗碱（Berberine）（又称黄连素）含量达5.20－7.69%（《中国药典》2000年版规定不得小于3.6%）；黄连生物碱（黄连碱（Coptise）、甲基黄连碱（Worenine）、巴马亭（Palmatine）、药根碱（Jatrorrhizine）等）含量在0.5%以下。此外，尚含木兰花碱（Magnoforine）和一种青荧光酸（Lumicaruleicacid），即阿魏酸（Ferulic acid）。