按感染部位分类

上皮型HPV1,5,8,14,20,21,25,47型黏膜型HPV6,11,16,18,31,33,35,39,41,45,51,52,56,58,59,68,70型

按发癌性分类

低危险群6,11,41,42,43,44型高危险群16,18,31,33,35,39,45,51,52,56,58,59,68,70型依照危险度来分，像是HPV-6、HPV-11、HPV-41、HPV-42、HPV-43、HPV-44，这些为低危险型HPV；至于HPV-16、HPV-18、HPV-31、HPV-33等高危险型HPV，易造成子宫颈癌。虽然HPV是造成子宫颈癌的主因，但不是所有的HPV都会发展成CIN和子宫颈癌。根据研究显示，性生活踊跃的女性有50%会获得一种以上的HPV，但有60%以上的人在六个月后能够靠着自身的免疫将HPV排除，而有30%以上的人会进展到高度的上皮病变，只有不到10%的人才会变成子宫颈癌。