用量过大板蓝根毒性极小，极少数人服用常规量会有轻度消化道症状。曾有一腮腺炎患儿同时用板蓝根注射液、板蓝根煎剂和含片，6天，引起上消化道出血的报道。

过敏反应绝大多数为板蓝根注射液所引起的，表现为头昏眼花、气短、呕吐、医学|教育网心慌、皮疹，有时为全身多形红斑型药疹，严重者血压下降而出现过敏性休克。曾有报道：一患者因流行性感冒服用板蓝根冲剂后10分钟出现头昏，眼花胸闷，气短，呕吐等症状，而后出现面唇青紫，全身皮肤潮红，瘙痒，经卧床休息2天后症状缓解。第2天再次服用板蓝根冲剂后上述症状再次出现，并出现面色苍白，全身出现多形红斑疹，被诊断为板蓝根冲剂引起的急性过敏。

板蓝根属寒凉之品，虽无中毒的报道，但也不可滥用，健康人，特别是老年人、脾胃虚寒的人不宜长期单味服用板蓝根，以免伤及脾胃甚至引发其它疾病。在服用的过程中，如出现不明原因的身体不适或其他反应，应及时查明原因，给予治疗。