藏象学说是研究人体各个脏腑的生理功能、病理变化及其相互关系的学说，是在象数易学的指导下，概括总结而成的，是中医学理论体系中极其重要的组成部分。《内经》无疑是多个不同时代作者的医学论文汇编，所以对于藏象的认识，各篇也不尽相同。总括来说，大概有六节藏象、九宫八风藏象和五行藏象等不同内容，其中，取得后来学术主流地位的是五行藏象，其主要内容是肝木、心火、脾土、肺金、肾水的分配方法。《三易洞玑》对此提出了两种不同的藏象理论来弥补《内经》的不足。
一为“五德三极”模式。也就是说，肺配元气，医学教育|网搜集整理为最重要的脏器；心肾配日月，为阴阳太极；胞与清肠合辰星、气海与溷肠合太白、脾胃合填星、肝胆配岁星、心包和三焦配荧惑。肺的地位和作用非常突出，黄道周认为肺有左右中三盖与其他各脏器相连贯，又能通达上中下三门（咽门、贲门、会门），所以肺主气，能够主导心肾水火和其他脏腑的功能。
二为“河图洛书藏象”模式。原文大意是阴藏系背，为洛书之象，肺九肾一、肝三脾七，胃五在中，交通冲脉和阴阳维脉，此为五脏。心为五脏之主，都统于膻中。阳腑系于腹，为河图之象，鬲、包络二七在上，胞、膀胱一六在下，小肠、阑门三八在左而交于前，大肠、气海以四九在右而交于后，此为四腑四房。胃以十治于中央，胆为四腑之主，都统于胞中。在此体系中，心、胃、胆三者作用特别突出。而《内经》以心为五脏六腑之大主，胃为中焦枢机，十一脏取决于胆等，似可佐证相通。
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