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自然病程因个体差异较大，以往认为患有心脏横纹肌瘤的新生儿或婴儿将死于充血性心力衰竭或突然死亡。许多无症状的患者可能在生命早期未能及时检查到，而且有证据表明横纹肌瘤在出生后并不发生有丝分裂，少数肿瘤有自行消退的报道。实际上肿瘤的大小及其生长的部位决定了病程和可能造成的结果。由于该类肿瘤常为多发性，而且范围广泛，长期效果不良，手术也难以奏效。