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肠系膜动脉瘤的发生主要是真菌及细菌感染的菌栓栓塞动脉滋养血管；动脉粥样硬化累及中层弹力纤维；高血压、贝赫切特综合征损伤内膜及门静脉高压引起动脉壁肌层变薄断裂。腹部外伤引起肠系膜动脉部分受损形成假性动脉瘤。

肠系膜动脉瘤多发生在肠系膜上动脉，肠系膜下动脉瘤少见。肠系膜动脉瘤常因形成血栓等引起肠管缺血，邻近胰十二指肠下动脉和结肠中动脉起始部的动脉瘤因血栓阻塞或动脉夹层易导致肠管缺血甚至坏死等，因此处来自股腔干和肠系膜下动脉的侧支循环常不充分。

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