临床病程可分期：

（1）卡他期 从发病开始至出现痉咳，一般约1～2周。开始症状类似感冒，除咳嗽外，可有流涕、喷嚏、轻度发热，也可只有干咳，并不引起注意。当其他症状逐渐消失时，咳嗽反而加重，日轻夜重，渐呈痉咳状。

（2）痉咳期 一般为2～6周（自数天至2个多月）。阵发性、痉挛性咳嗽为本期特点医学教|育网搜集整理。发作时频频不间断的短咳十余声或数十声为呼气状态，最后深长吸气，因其时喉部仍呈痉挛状态，故伴有高音调的鸡鸣样吼声，接着又发生下次的痉咳，如此反复发作多次，直至咯出黏稠痰液为止。咳嗽剧烈时，可有大、小便失禁，双手握拳屈肘、两眼圆睁、面红耳赤、涕泪交流，头向前倾、张口伸舌、唇色发绀等，表情极其痛苦，呕吐后方告结束。轻者一日数次，重者一日数十次，以夜间为多。当奔跑、进食、受凉、烟熏、哭吵等均可诱发。发作前一般无明显预兆。

（3）间歇期 情况无特殊。痉咳时，上腔静脉压力增高，回心血流受阻而有瘀血现象，常见颜面及眼睑浮肿，阵咳剧烈时，可出现鼻衂、咯血及眼结膜下出血等，甚至发生颅内出血。痉咳频繁者每影响睡眠，致使患儿疲倦、不喜活动、食欲减退，加上呕吐，继发感染，可致营养障碍。如无继发感染，患儿一般体温正常，肺部无阳性体征或有不固定的啰音。