申请人提出异议后，药审中心组织进行综合评估，形成调整结论、维持原结论和专家咨询委员会论证三种情形：对于需要调整审评结论的，重新进行技术审评。对于维持原结论的，不再接受申请人提出的召开专家咨询委员会论证的申请。对于现有研究资料或数据不足以支持申报，现行技术标准体系没有覆盖、申请人与审评双方存在技术争议等情况，药审中心将综合评估结果反馈申请人后，申请人仍有异议的，可以提出召开专家咨询委员会论证会的申请，药审中心根据程序组织论证，形成最终审评结论。

根据申请人的反馈意见，对于综合评估的时间、反馈意见的时间等进行了细化规定，保证申请人对异议解决程序的可预见性。《程序》要求，药审中心在完成综合技术审评后的5个工作日内，将不予通过的审评结论、理由和申请人提出异议的权利、渠道、方式、期限等告知申请人；申请人可在收到告知书之日起15个工作日内提出异议。在收到异议意见后，药审中心应在15个工作日内组织评估，如认为需调整结论，应在20个工作日内重新进行技术审评；如维持原结论，应在5个工作日内主动与申请人沟通。申请人如仍有异议，可在收到反馈意见15个工作日内申请召开专家咨询委员会论证；药审中心应在50个工作日内组织召开会议，并综合专家咨询委员会论证结果形成最终审评结论。申请人异议和专家论证时间不计入审评时限。