中医学理论体系的哲学基础主要包括精气学说、阴阳学说和五行学说，它们对中医学理论体系的形成和发展起到了至关重要的作用。

精气学说认为，精气是构成宇宙万物的本原，宇宙中的一切事物都是由精气的运动变化而产生的。在中医学中，精气学说被用来阐释人体的生命活动。人体的生命起源于精气，精气是维持人体生命活动的基本物质。如先天之精是生命的基础，来源于父母，后天之精则来源于脾胃所运化的水谷精微。精气的运动变化失常会导致疾病的发生，因此，调理精气的盛衰和运动状态是中医治疗疾病的重要原则之一。

阴阳学说认为，自然界的一切事物和现象都存在着相互对立又相互依存的阴阳两个方面。阴阳的对立制约、互根互用、消长平衡和相互转化维持着事物的正常发展和变化。在中医学中，阴阳学说被广泛应用于阐释人体的组织结构、生理功能、病理变化以及疾病的诊断和治疗。人体的五脏分阴阳，心肺属阳，肝脾肾属阴；人体的生理功能也可分为阴阳两个方面，如阳气具有温煦、推动等作用，阴气具有滋养、宁静等作用。疾病的发生是阴阳失调的结果，治疗疾病就是要调整阴阳，使之恢复平衡。

五行学说认为，宇宙万物可分为木、火、土、金、水五类，它们之间存在着相生、相克、相乘、相侮的关系。五行学说在中医学中主要用于阐释人体的五脏系统以及五脏之间的关系。肝属木，心属火，脾属土，肺属金，肾属水。五脏之间通过相生相克的关系维持着生理功能的协调平衡。如肝木生心火，心火生脾土等；肝木克脾土，脾土克肾水等。当五脏之间的相生相克关系失调时，就会导致疾病的发生。中医治疗疾病时，常根据五行相生相克的原理来调整五脏之间的关系，以达到治疗疾病的目的。

精气学说、阴阳学说和五行学说相互关联、相互补充，共同构成了中医学理论体系的哲学基础，为中医学的理论和实践提供了重要的指导思想和方法。