消毒方法主要分为物理消毒法、化学消毒法和生物消毒法这几大类。

物理消毒法是利用物理因素作用于病原微生物将之杀灭或清除的方法。其中热力消毒是最常用的，包括干热消毒和湿热消毒。干热消毒如焚烧，适用于废弃的污染物品，能迅速彻底杀灭病原体；烧灼常用于实验室的接种环等耐热器具的消毒。湿热消毒有煮沸消毒，在日常生活中较为常见，一般在水中煮沸100℃经5 - 10分钟可杀灭细菌繁殖体，常用于餐具等的消毒；压力蒸汽灭菌是医院等场所对手术器械、敷料等进行灭菌的重要方法，能在高温高压下有效杀灭包括芽孢在内的所有微生物。辐射消毒也是物理消毒法的一种，如紫外线消毒，可用于空气、物体表面的消毒，它能破坏细菌和病毒的核酸结构，从而达到消毒目的，但紫外线穿透能力较弱。此外，还有过滤除菌，通过过滤介质去除空气中或液体中的微生物，常用于手术室、层流病房等的空气净化以及生物制品的制备过程。

化学消毒法是使用化学消毒剂进行消毒的方法。根据消毒剂的杀菌能力可分为高效消毒剂、中效消毒剂和低效消毒剂。高效消毒剂能杀灭包括细菌芽孢、真菌孢子在内的各种微生物，如过氧乙酸、戊二醛等，常用于对物品的严格消毒。中效消毒剂能杀灭除芽孢以外的各种微生物，如乙醇、碘伏等，乙醇常用于皮肤消毒，碘伏常用于皮肤、黏膜的消毒。低效消毒剂只能杀灭细菌繁殖体、部分真菌和亲脂病毒，如新洁尔灭等，可用于一般的皮肤、黏膜消毒和物品表面的清洁消毒。

生物消毒法是利用某些生物来杀灭或清除病原微生物的方法。例如，在污水净化处理中，可利用污水中的需氧微生物分解其中的有机物，降低污水中的微生物数量。另外，一些益生菌也可用于改善环境微生态，抑制有害微生物的生长繁殖，起到一定的消毒和预防疾病的作用。不过生物消毒法相对来说应用范围较窄，且效果可能不如物理和化学消毒法迅速和彻底，但它具有环保、安全等优点。