蛋白能量营养不良是一种由于缺乏能量和（或）蛋白质所致的营养缺乏症，其病因是多方面的，主要包括以下几个方面。

首先是摄入不足。这是导致蛋白能量营养不良的常见原因之一。在婴幼儿时期，如果喂养不当，比如母乳不足又未及时添加合适的辅食，或者人工喂养时选用的奶粉质量不佳、调配不当等，都可能使孩子摄入的蛋白质和能量不能满足生长发育的需求。对于年长儿，不良的饮食习惯如偏食、挑食、过度节食等，也会导致食物中蛋白质和能量的摄入量不足。

其次是消化吸收不良。一些消化系统疾病会影响食物的消化和吸收。例如慢性腹泻，无论是感染性腹泻还是非感染性腹泻，长期发作会导致肠道黏膜受损，影响营养物质的吸收。先天性唇腭裂、幽门梗阻等疾病会影响食物的正常摄入和消化过程。此外，肝胆疾病如肝炎、胆囊炎等会影响胆汁的分泌和排泄，进而影响脂肪等营养物质的消化吸收。

再者是需要量增加。处于生长发育快速阶段的儿童、青少年，对蛋白质和能量的需求相对较高。如果这一时期不能及时增加相应的营养摄入，就容易出现营养不良。另外，患有某些慢性疾病如糖尿病、甲状腺功能亢进等，机体的代谢率会升高，消耗增加，也会导致对蛋白质和能量的需要量增多。严重创伤、烧伤等情况下，机体处于应激状态，蛋白质分解加速，也会造成营养的相对缺乏。

最后，其他因素如早产、多胎等，由于先天不足，出生后生长发育迅速，更容易出现蛋白能量营养不良。社会经济因素如贫困、食物短缺等也会限制人们获取足够的营养食物，从而增加蛋白能量营养不良的发生风险。