蛋白质能量营养不良是一种因缺乏能量和（或）蛋白质引起的营养缺乏症，主要病因包括以下几个方面。

首先是摄入不足。婴幼儿生长发育迅速，对营养素的需求量相对较多，如果喂养不当，如母乳不足而未及时添加合适的辅食，或人工喂养时奶粉配制过稀；较大儿童不良的饮食习惯，如挑食、偏食、吃过多零食等，都可导致蛋白质和能量摄入不足，不能满足机体生长发育的需要，从而引发蛋白质能量营养不良。

其次是消化吸收不良。消化系统疾病是导致消化吸收不良的常见原因，比如慢性腹泻、先天性唇腭裂、幽门梗阻、肠吸收不良综合征等。这些疾病会影响食物的消化和吸收过程，使摄入的蛋白质和能量不能被充分利用，长期如此就会造成营养不良。例如慢性腹泻会使食物在肠道内停留时间过短，营养物质来不及充分吸收就被排出体外。

再者是需要量增加。在一些特殊情况下，机体对蛋白质和能量的需求会明显增加。比如患有急性传染病（如麻疹、伤寒等）、慢性消耗性疾病（如结核病、糖尿病等），疾病过程中机体代谢加快，消耗增多；生长发育快速阶段（如早产儿、双胎儿等），对营养的需求也高于正常儿童。如果此时没有及时补充足够的营养，就容易发生蛋白质能量营养不良。

另外，先天不足也可能是病因之一。例如胎儿在母体内发育不良，如母亲在孕期患有严重的疾病、营养不良等，可导致胎儿出生时体重过低、身体机能较差，出生后更容易出现蛋白质能量营养不良的情况。

综上所述，蛋白质能量营养不良的病因是多方面的，涉及摄入、消化吸收、需求等多个环节，在临床中需要综合考虑，采取针对性的措施进行防治。