原发性肝癌常用的实验室检查主要有以下几类：

首先是甲胎蛋白（AFP）检查，这是诊断肝癌的重要指标。AFP是一种糖蛋白，正常情况下主要由胎儿肝细胞及卵黄囊合成，出生后其合成很快受到抑制。当肝细胞发生癌变时，AFP又会重新大量合成，血清AFP升高。在排除妊娠、生殖腺胚胎源性肿瘤等情况后，AFP大于400μg/L持续4周，或AFP大于200μg/L持续8周，结合影像学检查发现肝脏占位性病变，就高度提示肝癌。不过，也有部分肝癌患者AFP始终不升高，所以AFP正常不能完全排除肝癌。

血清酶学检查也较为常用。γ-谷氨酰转肽酶（GGT）及其同工酶在肝癌患者中常可升高，GGT-Ⅱ对肝癌的诊断有较高的特异性。碱性磷酸酶（ALP）也可能升高，当出现骨转移时，ALP升高更为明显。乳酸脱氢酶（LDH）及其同工酶在肝癌时也可能出现异常。

还有肝癌相关的其他标志物。异常凝血酶原（DCP），在肝癌细胞中维生素K缺乏或被拮抗，使得肝脏合成凝血酶原前体羧化不全，从而产生异常凝血酶原，其在肝癌患者中升高，对AFP阴性的肝癌有一定的诊断价值。岩藻糖苷酶（AFU），肝癌患者血清AFU活性明显升高，可作为AFP的补充指标。

另外，肝炎病毒学检查也很关键，因为我国肝癌患者大多与乙肝、丙肝感染相关，检测乙肝五项、丙肝抗体等，有助于了解患者的基础肝病情况以及判断肝癌的病因。血常规、肝功能等常规检查也必不可少，血常规可了解患者有无脾功能亢进等情况，肝功能检查能评估肝脏的整体功能状态，对于制定治疗方案和判断预后有重要的意义。