发病的基本原理主要涉及正气与邪气两个方面，正气不足和邪气侵袭在疾病发生过程中相互影响、共同作用。

正气是人体的机能活动和抗病、康复能力。正气具有抵御外邪、祛除病邪、修复调节等作用。正气充足时，人体的脏腑功能正常，气血运行通畅，能够有效地抵抗外邪的入侵，维持身体的健康状态。若正气不足，人体的防御能力下降，就容易受到邪气的侵犯而发病。正气不足的原因有很多，先天因素方面，如父母体质虚弱、孕期调养不当等，可导致子女先天禀赋不足，正气亏虚。后天因素包括饮食不节，如过食辛辣、生冷、油腻等食物，损伤脾胃，影响气血的生成；过度劳累，无论是劳力过度、劳神过度还是房劳过度，都会耗伤正气；久病体虚，疾病长期不愈，不断消耗人体的正气，也会使正气逐渐虚弱。

邪气泛指各种致病因素，包括外感邪气如六淫（风、寒、暑、湿、燥、火）、疠气等，内伤邪气如七情内伤、饮食失宜、劳逸失度等。邪气是导致疾病发生的重要条件，邪气的性质和致病特点不同，所引起的疾病也各不相同。例如，风邪具有轻扬开泄、善行数变的特点，易侵袭人体上部和肌表，引发感冒、风疹等疾病；寒邪具有寒冷、凝滞、收引的特性，易伤阳气，导致气血凝滞不通，引发疼痛等病症。当邪气的致病力超过了正气的抗病能力时，就会导致疾病的发生。

在疾病的发生过程中，正气和邪气相互斗争。正邪斗争的胜负决定着发病与否以及疾病的发展和转归。若正气强盛，能够抵御邪气，正邪斗争剧烈，疾病可能表现为实证；若正气虚弱，邪气相对亢盛，正邪斗争不剧烈，疾病则可能表现为虚证或虚实夹杂证。总之，发病的基本原理是正气不足是发病的内在根据，邪气是发病的重要条件，正邪斗争的结果决定是否发病。