目前，欧盟在与疯牛病的较量中主要面临三大难题。

　　首先，落实“斗牛”措施困难重重。按照欧盟的有关计划，从今年1月1日起，要对所有年龄在30个月以上的牛进行疯牛病检测，这是因为疯牛病有潜伏期，一般只有年龄超过30个月的牛才能被确诊是否患了疯牛病。欧盟各国总共大约有700万头这种两岁多的存栏牛，检测起来十分繁重。据欧盟委员会估计，今年只可能检测200万头牛。至于禁用动物骨粉作饲料的规定，欧盟委员会也承认其实施的难度。有些成员国并不赞成这一决定，因而不可能保证牛农不继续使用动物骨粉。欧盟委员会对成员国执行新措施动作缓慢表示极大不满。

　　其次，经济负担难以应付。为了应付疯牛病危机，欧盟决定动用12亿欧元，用于收购被宰杀的牛、补贴牛农损失和检测疯牛病。但是，由于疯牛病持续蔓延，原定的预算已经无法应付当前的危机。欧盟委员会农业委员菲施勒表示，由于欧盟各国牛肉消费量锐减，出口严重受损，更由于疯牛病病例不断增加，必须销毁病牛和大量同栏饲养的牛才可能恢复消费者信心。他强调，欧盟今年需要30亿欧元才可能应付这场危机。欧盟各国农业部长1月29日在布鲁塞尔会商，但未能拿出解决经济负担的最后方案。

　　第三，社会压力越来越大。疯牛病危机爆发，欧盟和成员国面临多重社会压力。一方面，消费者的不满呼声越来越高，在一些成员国已经导致政府部长引咎辞职，迫使政府采取更加严厉的措施控制疯牛病；另一方面，牛农受到市场萎缩的打击，损失惨重，他们强烈要求欧盟和成员国政府保护其利益。此外，目前欧盟种田的农户也在提心吊胆，他们担心欧盟为应付疯牛病危机而减少对他们的贴补。比利时农民向欧盟和比利时政府施加压力，将1200辆拖拉机停在欧洲高速公路上，使通往德国、卢森堡和法国的交通一度中断。

　　疯牛病危机对欧盟经济和社会带来的压力和冲击有可能进一步加剧，公众对疯牛病的恐惧一时还很难消除。欧盟如何应对危机，已成为欧洲社会关注的焦点。