现代化疗的目标不仅是杀菌和防止耐药性产生，而且在于最终灭菌，防止和杜绝复发。然而现有抗结核药物大多是作用于生长期和代谢旺盛的细菌，对代谢低落的静止菌很少或者没有作用。因此，结核菌的代谢状态及其同药物的相互作用是影响化疗的重要因素。结核病灶中存在4种不同代谢状态菌群。A群（快速繁殖菌）细菌处于生长繁殖、代谢旺盛期，主要见于pH中性的结核空洞壁和空洞内。INH对快速生长的细菌作用最强，RFP其次。B群为酸性环境中半休眠状态的菌群，PZA能作用于此类菌群，有利于最终消灭细胞内静止菌。C群是半休眠状态但偶有突发性或短期内旺盛生长的细菌，RFP对此最为有效。D群则为完全休眠菌，药物不起作用，须靠机体免疫机制加以消除。在动物实验模型和临床上应用烈H，快速生长繁殖的结核菌迅速被扑灭，显示早期的高效治疗效果。随着细菌生长速度减慢，则渐渐失去作用。RFP杀灭突发生长的结核菌，可减少复发，但疗程过短仍有复发，故应贯彻疗程始终。消灭8组细菌是实现灭菌目标的关键。这些细菌存在巨噬细胞内酸性条件下，仅有PzA是唯一比较有效的药物。故近年来主张化疗特别是短程化疗加用PZA至关重要。能使PZA发挥作用的环境必须是pHi5.5，这仅能发生于巨噬细胞中的溶酶体和吞噬溶酶体内。传统观念认为PZA对大量处于细胞外的细菌并无作用。新的研究提示PZA的作用并不限于细胞内细菌。结核结节和干酪样物质中pH一般在6.5～7.0，由于急性炎症伴缺氧以及二氧化碳、乳酸蓄积，pH可降至5.0-5.5，PZA对这种环境下的细胞外菌亦有作用。PZA的作用一般在疗程最初2个月即完成。

　　新的抗结核药物作用机制认为，治疗早期结核菌大多在细胞外包括干酪化区域内，生长繁殖快，pH轻度偏酸（pH6.5～7.0），INH作用最强，SM较弱。在此种环境下PZA尚不能成为杀菌剂。当出现炎症反应，pH下降，部分细菌生长受抑，成为相当于原来模式中的B、C组菌群，此时PZA和RFP较INH更具杀菌作用，而SM完全不起作用。在有大量细菌的空洞性病灶内由于炎症反应消长，引起pH升降变化，导致A、B菌群互换。反映药物和细菌以及病灶环境相互关系的这一理论表明，联合用药不仅为防止耐药，而且希望达到灭菌和彻底治愈。结核菌区别于其他病原菌的重要生物学特性，是它可以长期处于代谢低落的静止或者半休眠状态（B、C组菌群），一定条件下又重新生长繁殖。因此，药物治疗除联合外尚必须长时间维持相对稳定的血药浓度，使未被杀灭的静止菌在重新转为生长繁殖菌时即暴露在有效药物的控制下，这就需要规则用药并完成全疗程。用药不规则或未完成疗程是化疗失败的最重要原因。从结核病的病理组织学特点来看，以渗出为主的早期病变，血运丰富，药物易于渗入病灶内。而这类病灶中细菌大多处于代谢活跃状态，药物最易发挥作用。相反在纤维干酪样病灶特别是厚壁空洞，药物作用明显削弱。结核病组织学改变的可逆性，或者一定程度上也就是对抗结核药物的治疗反应依渗出、早期干酪灶、包裹性干酪灶和纤维空洞的顺序而递减。虽然现代化疗是一种严格的抗感染治疗，而不以组织复原为主要目标，但不同组织学改变对化疗的反应依然是影响化疗疗效的重要因素，早期治疗无疑事半而功倍。因此，结核病的化疗显著区别于通常细菌性感染的化疗，必须根据其特有规律，掌握正确原则。这些原则概括为早期、联合、规则、适量、全程，其中以联合和规则用药最为重要。为保证这些原则的有效贯彻，在管理上必须实行督导下化疗。