在同种异体组织、器官移植时，受者的免疫系统常对移植物产生排异反应（transplant rejection），这是一个十分复杂的免疫学现象，涉及细胞和抗体介导的多种免疫损伤机制，都是针对移植物中的人类主要组织相容抗原HLA（human leucocyte antigen） 的反应，供者与受者HLA的差异程度决定了排异反应的轻或重。除单卵双生外，二个个体具有完全相同的HLA系统的组织配型几乎是不存在的，但选择供者与受者配型尽可能地接近，是异体组织器官移植成功的关键。

　　HLA系统是目前人类已知的最复杂的基因群—HLA复合体，或称MHC基因的编码产物。HLA复合体位于第六对染色体的短臂，是免疫遗传的调控中心。每个基因位点存在多种等位基因，导致HLA系统的高度多态性。HLA复合体的基因位点，从功能角度可分为三类。第一类：包含基因位点HLA－A.B.C，所有真核细胞均具有Ⅰ类基因位点。第二类即HLA－D（DR）位点，主要见于抗原递呈细胞、B细胞及T辅助细胞，此外，血管内皮细胞、纤维母细胞及肾小管上皮细胞等如果受到淋巴因子IFN－γ的诱导，亦可表达Ⅱ类抗原。第三类则属于编码补体C2、C4和B因子的基因位点。HLA分子的主要生理作用是将抗原递呈给T细胞，因而无论对诱导体液及细胞免疫反应均起重要作用。已知调控免疫反应的Ir（immune response）基因亦位于HLA－D区，所以Ⅱ类抗原的基因亦具有Ir基因的功能，调控免疫反应的幅度。因而可以认为与HLA直接相关的免疫病理现象是：移植排斥反应、对疾病的反应过度或反应不足。