先天性甲状腺功能减退，也称为克汀病或呆小症，是由于新生儿出生时甲状腺激素分泌不足引起的一种疾病。这种状况可以由多种遗传缺陷导致，主要包括：
1. 甲状腺发育不全或异位：这是最常见的原因，可能与基因突变有关，如TSHR（促甲状腺激素受体）、PAX8、NKX2-1等基因的变异。
2. 甲状腺过氧化物酶缺乏：这种情况下，尽管甲状腺结构正常，但由于负责合成甲状腺激素的关键酶——甲状腺过氧化物酶的功能障碍或缺失，导致无法有效生产足够的甲状腺激素。这通常与TPO（编码甲状腺过氧化物酶）基因突变有关。
3. 碘代谢障碍：一些遗传性缺陷会影响碘的吸收、转运或利用过程，从而影响甲状腺激素的合成。例如，NIS（钠/碘共转运蛋白）基因突变可导致碘摄取不足；Pendrin (SLC26A4) 基因异常则可能导致内耳和甲状腺功能障碍。
4. 甲状腺激素抵抗综合症：这是一种罕见的情况，患者的细胞对甲状腺激素反应减弱或完全无反应。这可能是由于THRB（编码β-甲状腺受体）基因突变所致。
5. 其他遗传因素：除了上述明确的单基因缺陷外，还有些情况下先天性甲状腺功能减退可能与多因子遗传背景有关，或者与其他综合征如DiGeorge综合症、Albright 遗传性骨营养不良等并发出现。

总之，先天性甲状腺功能减退是一个复杂的疾病，其发病机制涉及多种遗传因素。对于疑似病例，应及时进行新生儿筛查，并结合临床表现和实验室检查结果来明确诊断及治疗方案。