长期禁食会导致机体能量供应不足，这时身体会启动一系列代谢调节机制来维持基本的生命活动。在这样的情况下，骨骼肌作为体内最大的蛋白质储存库，其蛋白质的分解代谢会发生显著的变化。
1. 初期反应 在禁食初期，身体首先会利用肝脏中的糖原储备以及膳食中未完全消化吸收的营养物质来提供能量。随着这些快速可用能源消耗殆尽，机体开始依赖脂肪组织和肌肉内的氨基酸作为主要的能量来源。
2. 蛋白质分解增加 随着时间延长，为了满足能量需求并保持血糖水平稳定，骨骼肌中的蛋白质分解速率将逐渐加快。这主要是通过激活泛素-蛋白酶体途径、自噬溶酶体途径等多种机制实现的。这些过程会导致肌肉质量减少，力量下降，并可能影响运动功能。
3. 氮平衡受损 长期禁食还会影响氮平衡状态，导致负氮平衡出现。正常情况下，人体摄入的食物蛋白质经过消化吸收后用于合成新的组织蛋白或维持现有组织结构；而在长期饥饿状态下，则会出现大量氨基酸被用来产生能量而非构建新蛋白质的情况，从而造成总氮量的净损失。
4. 激素调节 为了应对这种不利状况，机体会通过释放皮质醇、生长激素等应激性激素来促进肌肉蛋白分解，并抑制胰岛素的作用以减少对葡萄糖的利用。这些变化有助于延长生存时间但同时也会加剧肌肉萎缩的程度。

总之，在长期禁食条件下，骨骼肌蛋白质分解显著增强，这不仅影响到肌肉的质量和功能，也可能给整体健康带来负面影响。因此，在临床实践中对于需要长时间禁食或无法正常进食的患者，应采取适当的营养支持措施以减轻这一不良后果。