宫颈上皮内瘤变应与正常化生及亚临床湿疣鉴别。
CIN经巴氏宫颈细胞学涂片染色可在显微镜下进行鉴别。在细胞学制片中观察单个细胞的改变进行CIN诊断和分级。组织学诊断还可观察到整个组织的其他特征，细胞学评价CIN基于细胞核和细胞质的改变医学教育网搜集|整理，经常很难判断。
所有不典型增生细胞核不同程度增大和形态多样是公认的。另一个主要的特点是核深染，核染色体分布不均形成团块状，有丝分裂象和核仁较少见。表层或中层细胞出现异常核仁多为低度CIN，而附基底层和基底层核仁异常则为高度CIN.胞浆量和核大小的关系（核浆比例）是评价CIN级别的最重要依据之一。核浆比例增高，CIN级别越高。同一张细胞学涂片中经常出现各种变化的细胞，包括有诊断争议的细胞，需有经验的细胞学专家鉴别。
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