美国CDC依据2013年4月发表的指南建议临床医生对于疑诊或确诊为H7N9流感的患者应尽早开始抗病毒治疗。CDC推荐临床医师应对下列患者高度疑诊H7N9：曾去过中国或者接触过H7N9流感患者的有流感症状的个体。

考虑到H7N9流感的疾病严重性，对于可疑或确诊的H7N9流感患者应尽早开始使用奥司他韦或扎那米韦等神经氨酸酶抑制剂。CDC建议临床医师应在实验室结果出来之前就开始治疗。依据指南，抗病毒治疗大多在起病的首个48小时内用药更有效，临床医师不应该犹豫直至病程的较晚期再开始治疗，尽管晚期使用时病人仍能获益医学教`育网搜集整理。

考虑到感染患者会快速的进展并出现重症症状，CDC推荐对于无明显并发症的门诊患者应给予5天的抗病毒治疗。这种抗病毒治疗方式对于容易出现并发症的高危人群如小于2岁的儿童、孕妇、大于等于65岁的老年人格外重要。对于住院患者来说则可能需要更长疗程的抗病毒治疗。

试验发现病毒对奥司他韦和扎那米韦敏感，但对金刚烷胺和金刚烷乙胺耐药，后两者并不被推荐使用。奥司他韦可用于所有年龄阶段的患者，扎那米韦用于大于7岁的患者。对于不能耐受口服奥司他韦的重症患者，可通过参与临床试验或者特许使用途径使用扎那米韦的静脉制剂。依据美国食品及药物管理局，可通过药物生产商实现药物使用。