口服是最常用的给药途径，其吸收涉及药物通过胃肠道上皮细胞膜的转运。口服给药后吸收呈明显的差异，这是由于胃肠道管腔内pH及单位腔道容积的表面积不同。也受组织血流灌注情况，胆汁和粘液的存在以及上皮细胞膜的性质等因素的差异影响所致。酸性药物在肠中的吸收较胃中快，似乎与药物的非解离型更易透过细胞膜相矛盾。然而，这种不一致性，可以从小肠具有很大的表面积和小肠细胞膜具较大的通透性而得到解释。

口腔粘膜上皮很薄，具丰富的血管，这些都有利于药物吸收。但是接触的时间太短暂，即使是溶液剂也未有明显的吸收现象。把一种药物置于齿龈和面颊之间（颊部给药）或放于舌下（舌下给药）则可保留转长时间致使吸收更完全。

胃具有相对较大的上皮表面，但由于它有较厚的粘液层以及药物在胃内停留时间相对较短，吸收受到限制。几乎所有药物在小肠吸收的速度均较胃中快。因而，胃排空速率是一限速性步骤。食物特别是脂类食物延缓胃排空（也延缓药物吸收），这能解释为何某些希望迅速奏效的药物宜空腹应用。某些不易溶解的（如灰黄霉素）或在胃中降解医|学教育网搜集整理（如青霉素G）的药物与食物同服，可增加吸收量或无任何影响或对药物吸收影响甚小。

小肠在胃肠道中是具有最大的表面积，可吸收药物。十二脂肠腔内pH值为4～5，但顺着肠道由近及远，管腔内pH值更趋碱性，如回肠下部pH接近8.胃肠道内的菌丛可使某些药物失活，降低药物的吸收。血流量的减少（如休克时）可以降低跨肠粘膜的浓度梯度，从而减少被动扩散吸收。（外周血流减少也会改变药物的分布和代谢。）