传统中医学利用五运六气理论及其推论，对疾病进行预测、运筹和评估，产生了系统、复杂的各家学术流派，运气理论作为象数的根源，历来受到中医学研究的高度推崇。与运气理论标榜其学源自《太始天元册》，十干化运和十二支化气来自所谓的“五气经天图”不同，黄氏根据自己对于该图的岁差计算，认为运气理论的天文学依据是春秋时期，而不可能是黄帝时期的理论。他认为运气之学出自周礼，由天官所掌管，有严格的计算和考察方法，而且中医学所传的运气学说并不吻合实际。他根据自己的研究，阐发了鲜为人知的独特运气推步方法。《内经》的运气理论是主客之间相克的六步推算法，而黄氏所提倡的易序运气理论是五步相生的推法。一卦主12日，符合古历法十月历的节气长度，医学教育|网搜集整理而72卦自然就是864日，这是一个主气间气的周期；五运周期是六气周期的五倍，也就是4320日，称之为岁运周期；如果再以干支乘倍，暗合太阳和北辰的周期。运气与人身相合，《内经》依据的是传统经络学的理论，以六气配合三阴三阳经脉，以五运配合五脏。其实这其中暗藏着细微的矛盾。黄道周十分犀利地指出这种理论的不足，提出了六气之中，不但火有二，其余五气也各自有二。火气不但有相火，还有游火，在五运六气里流动不居。黄道周的运气理论重视对岁、日的观察。
黄氏运气理论的推算方法和《内经》相比非常独特，不但天运的算法不同，年内周期和超年周期都是按照七十二卦来推演，而且人身的象数理论依据也不同。传统的运气理论以九星为中心，重视对七政的天文观察，着重考察日月的运行规律。黄道周的运气理论在这一点上根本抛弃了《内经》的思想，直接以日（太阳）、岁（木星）二者为阴阳枢纽，此论与现代天文学暗合。
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