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哈门内阿米巴形态与溶组织内阿米巴极其相似而体积较小，曾一度被认为是它的共栖小宗。后经研究从形态特征、生长代谢、免疫特性、药物敏感及致病毒力等方面提出证据，确认为独立种。滋养体直径3～12μm，包囊4～10μm.滋养体与包囊的细胞结构和胞核等特征，除大小外酷似非侵袭型的溶组织内阿米巴，糖原泡不明显，拟染色体细小，亦呈棒状小体，也熟包囊也有4个核。

本虫不致病，传播及分布与溶组织内的阿米巴相似，常并存感染，仅感染率较低，对硝基咪唑类药物也不甚敏感。病原检查时识别该虫的单纯感染具有缩小防治范围的实际意义。流行病学调查中，测量包囊大小，以10μm为界线，可与痢疾阿米巴包囊相区别。大小在界线交叉范围者鉴别十分困难，有时须借助血清学辅诊。

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