消化性溃疡是一种多因素疾病，其中幽门螺杆菌感染和服用NSAID是已知的主要病因，溃疡发生是黏膜侵袭因素和防御因素失平衡的结果，胃酸在溃疡形成中起关键作用。在正常生理情况下，胃十二指肠黏膜具有一系列防御和修复机制：①上皮前的黏液和碳酸氢盐（HCO3-）；②上皮细胞；③上皮后胃黏膜丰富的毛细血管网内的血流。此外，前列腺素E具有细胞保护、促黏膜血流、增加黏液及HCO3-分泌等功能；表皮生长因子（EGF）具有细胞保护和促进上皮再生的作用。当某些因素损害了这一机制才可能发生胃酸／胃蛋白酶对胃黏膜自身消化、侵蚀而导致溃疡形成。幽门螺杆菌和非甾体抗炎药是损害十二指肠黏膜屏障从而导致消化性溃疡发病的最常见病因。少见的特殊情况，当过度胃酸分泌远远超过黏膜的防御作用也可能导致消化性溃疡发生。其他因素，如吸烟、遗传、情绪应激、胃十二指肠运动异常诸因素可能与消化性溃疡发病有不同程度的关系。